OpenCV 2.4.8 components for OpenCVgrabber.
[mmanager-3rdparty.git] / OpenCV2.4.8 / build / include / opencv2 / flann / hdf5.h
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27  *************************************************************************/
28
29
30 #ifndef OPENCV_FLANN_HDF5_H_
31 #define OPENCV_FLANN_HDF5_H_
32
33 #include <hdf5.h>
34
35 #include "matrix.h"
36
37
38 namespace cvflann
39 {
40
41 namespace
42 {
43
44 template<typename T>
45 hid_t get_hdf5_type()
46 {
47     throw FLANNException("Unsupported type for IO operations");
48 }
49
50 template<>
51 hid_t get_hdf5_type<char>() { return H5T_NATIVE_CHAR; }
52 template<>
53 hid_t get_hdf5_type<unsigned char>() { return H5T_NATIVE_UCHAR; }
54 template<>
55 hid_t get_hdf5_type<short int>() { return H5T_NATIVE_SHORT; }
56 template<>
57 hid_t get_hdf5_type<unsigned short int>() { return H5T_NATIVE_USHORT; }
58 template<>
59 hid_t get_hdf5_type<int>() { return H5T_NATIVE_INT; }
60 template<>
61 hid_t get_hdf5_type<unsigned int>() { return H5T_NATIVE_UINT; }
62 template<>
63 hid_t get_hdf5_type<long>() { return H5T_NATIVE_LONG; }
64 template<>
65 hid_t get_hdf5_type<unsigned long>() { return H5T_NATIVE_ULONG; }
66 template<>
67 hid_t get_hdf5_type<float>() { return H5T_NATIVE_FLOAT; }
68 template<>
69 hid_t get_hdf5_type<double>() { return H5T_NATIVE_DOUBLE; }
70 }
71
72
73 #define CHECK_ERROR(x,y) if ((x)<0) throw FLANNException((y));
74
75 template<typename T>
76 void save_to_file(const cvflann::Matrix<T>& dataset, const std::string& filename, const std::string& name)
77 {
78
79 #if H5Eset_auto_vers == 2
80     H5Eset_auto( H5E_DEFAULT, NULL, NULL );
81 #else
82     H5Eset_auto( NULL, NULL );
83 #endif
84
85     herr_t status;
86     hid_t file_id;
87     file_id = H5Fopen(filename.c_str(), H5F_ACC_RDWR, H5P_DEFAULT);
88     if (file_id < 0) {
89         file_id = H5Fcreate(filename.c_str(), H5F_ACC_EXCL, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
90     }
91     CHECK_ERROR(file_id,"Error creating hdf5 file.");
92
93     hsize_t     dimsf[2];              // dataset dimensions
94     dimsf[0] = dataset.rows;
95     dimsf[1] = dataset.cols;
96
97     hid_t space_id = H5Screate_simple(2, dimsf, NULL);
98     hid_t memspace_id = H5Screate_simple(2, dimsf, NULL);
99
100     hid_t dataset_id;
101 #if H5Dcreate_vers == 2
102     dataset_id = H5Dcreate2(file_id, name.c_str(), get_hdf5_type<T>(), space_id, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
103 #else
104     dataset_id = H5Dcreate(file_id, name.c_str(), get_hdf5_type<T>(), space_id, H5P_DEFAULT);
105 #endif
106
107     if (dataset_id<0) {
108 #if H5Dopen_vers == 2
109         dataset_id = H5Dopen2(file_id, name.c_str(), H5P_DEFAULT);
110 #else
111         dataset_id = H5Dopen(file_id, name.c_str());
112 #endif
113     }
114     CHECK_ERROR(dataset_id,"Error creating or opening dataset in file.");
115
116     status = H5Dwrite(dataset_id, get_hdf5_type<T>(), memspace_id, space_id, H5P_DEFAULT, dataset.data );
117     CHECK_ERROR(status, "Error writing to dataset");
118
119     H5Sclose(memspace_id);
120     H5Sclose(space_id);
121     H5Dclose(dataset_id);
122     H5Fclose(file_id);
123
124 }
125
126
127 template<typename T>
128 void load_from_file(cvflann::Matrix<T>& dataset, const std::string& filename, const std::string& name)
129 {
130     herr_t status;
131     hid_t file_id = H5Fopen(filename.c_str(), H5F_ACC_RDWR, H5P_DEFAULT);
132     CHECK_ERROR(file_id,"Error opening hdf5 file.");
133
134     hid_t dataset_id;
135 #if H5Dopen_vers == 2
136     dataset_id = H5Dopen2(file_id, name.c_str(), H5P_DEFAULT);
137 #else
138     dataset_id = H5Dopen(file_id, name.c_str());
139 #endif
140     CHECK_ERROR(dataset_id,"Error opening dataset in file.");
141
142     hid_t space_id = H5Dget_space(dataset_id);
143
144     hsize_t dims_out[2];
145     H5Sget_simple_extent_dims(space_id, dims_out, NULL);
146
147     dataset = cvflann::Matrix<T>(new T[dims_out[0]*dims_out[1]], dims_out[0], dims_out[1]);
148
149     status = H5Dread(dataset_id, get_hdf5_type<T>(), H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, dataset[0]);
150     CHECK_ERROR(status, "Error reading dataset");
151
152     H5Sclose(space_id);
153     H5Dclose(dataset_id);
154     H5Fclose(file_id);
155 }
156
157
158 #ifdef HAVE_MPI
159
160 namespace mpi
161 {
162 /**
163  * Loads a the hyperslice corresponding to this processor from a hdf5 file.
164  * @param flann_dataset Dataset where the data is loaded
165  * @param filename HDF5 file name
166  * @param name Name of dataset inside file
167  */
168 template<typename T>
169 void load_from_file(cvflann::Matrix<T>& dataset, const std::string& filename, const std::string& name)
170 {
171     MPI_Comm comm  = MPI_COMM_WORLD;
172     MPI_Info info  = MPI_INFO_NULL;
173
174     int mpi_size, mpi_rank;
175     MPI_Comm_size(comm, &mpi_size);
176     MPI_Comm_rank(comm, &mpi_rank);
177
178     herr_t status;
179
180     hid_t plist_id = H5Pcreate(H5P_FILE_ACCESS);
181     H5Pset_fapl_mpio(plist_id, comm, info);
182     hid_t file_id = H5Fopen(filename.c_str(), H5F_ACC_RDWR, plist_id);
183     CHECK_ERROR(file_id,"Error opening hdf5 file.");
184     H5Pclose(plist_id);
185     hid_t dataset_id;
186 #if H5Dopen_vers == 2
187     dataset_id = H5Dopen2(file_id, name.c_str(), H5P_DEFAULT);
188 #else
189     dataset_id = H5Dopen(file_id, name.c_str());
190 #endif
191     CHECK_ERROR(dataset_id,"Error opening dataset in file.");
192
193     hid_t space_id = H5Dget_space(dataset_id);
194     hsize_t dims[2];
195     H5Sget_simple_extent_dims(space_id, dims, NULL);
196
197     hsize_t count[2];
198     hsize_t offset[2];
199
200     hsize_t item_cnt = dims[0]/mpi_size+(dims[0]%mpi_size==0 ? 0 : 1);
201     hsize_t cnt = (mpi_rank<mpi_size-1 ? item_cnt : dims[0]-item_cnt*(mpi_size-1));
202
203     count[0] = cnt;
204     count[1] = dims[1];
205     offset[0] = mpi_rank*item_cnt;
206     offset[1] = 0;
207
208     hid_t memspace_id = H5Screate_simple(2,count,NULL);
209
210     H5Sselect_hyperslab(space_id, H5S_SELECT_SET, offset, NULL, count, NULL);
211
212     dataset.rows = count[0];
213     dataset.cols = count[1];
214     dataset.data = new T[dataset.rows*dataset.cols];
215
216     plist_id = H5Pcreate(H5P_DATASET_XFER);
217     H5Pset_dxpl_mpio(plist_id, H5FD_MPIO_COLLECTIVE);
218     status = H5Dread(dataset_id, get_hdf5_type<T>(), memspace_id, space_id, plist_id, dataset.data);
219     CHECK_ERROR(status, "Error reading dataset");
220
221     H5Pclose(plist_id);
222     H5Sclose(space_id);
223     H5Sclose(memspace_id);
224     H5Dclose(dataset_id);
225     H5Fclose(file_id);
226 }
227 }
228 #endif // HAVE_MPI
229 } // namespace cvflann::mpi
230
231 #endif /* OPENCV_FLANN_HDF5_H_ */