Porting continues.
authorilb@NIH.GOV <ilb@NIH.GOV@ba61647d-9d00-f842-95cd-605cb4296b96>
Tue, 3 Apr 2018 22:14:57 +0000 (22:14 +0000)
committerilb@NIH.GOV <ilb@NIH.GOV@ba61647d-9d00-f842-95cd-605cb4296b96>
Tue, 3 Apr 2018 22:14:57 +0000 (22:14 +0000)
git-svn-id: https://citdcbmipav.cit.nih.gov/repos-pub/mipav/trunk@15437 ba61647d-9d00-f842-95cd-605cb4296b96

mipav/src/gov/nih/mipav/model/algorithms/CVODES.java

index 756e15f..fbbc79f 100644 (file)
@@ -133,7 +133,7 @@ public abstract class CVODES {
     final int CV_BAD_TB0 = -104;\r
     final int CV_REIFWD_FAIL = -105;\r
     final int CV_FWD_FAIL = -106;\r
-    final int CV_GETY_BADT = -107;\r
+    final static int CV_GETY_BADT = -107;\r
 \r
 \r
        \r
@@ -171,6 +171,8 @@ public abstract class CVODES {
        final int CVApolynomialMalloc_select = 2;\r
        final int CVAhermiteStorePnt_select = 1;\r
        final int CVApolynomialStorePnt_select = 2;\r
+       final int CVAhermiteGetY_select = 1;\r
+       final int CVApolynomialGetY_select = 2;\r
 \r
        /* \r
         * ----------------------------------------\r
@@ -178,7 +180,7 @@ public abstract class CVODES {
         * ----------------------------------------\r
         */\r
 \r
-       final int CV_SUCCESS = 0;\r
+       final static int CV_SUCCESS = 0;\r
        final int CV_TSTOP_RETURN = 1;\r
        final int CV_ROOT_RETURN = 2;\r
 \r
@@ -235,7 +237,7 @@ public abstract class CVODES {
        final int MXNCF = 10;\r
        final int MXNEF = 7;\r
        final double CORTES = 0.1;\r
-       final double ZERO = 0.0;\r
+       final static double ZERO = 0.0;\r
        final double TINY = 1.0E-10;\r
        final double PT1 = 0.1;\r
        final double POINT2 = 0.2;\r
@@ -256,7 +258,7 @@ public abstract class CVODES {
        final double ETAMX3 = 10.0;\r
        final double HUB_FACTOR = 0.1;\r
        final double HLB_FACTOR = 100.0;\r
-       final double FUZZ_FACTOR = 100.0;\r
+       final static double FUZZ_FACTOR = 100.0;\r
        final int MAX_ITERS = 4;\r
        // CRDOWN constant used in the estimation of the convergence rate (crate)\r
        //        of the iterates for the nonlinear equation\r
@@ -2263,7 +2265,7 @@ public abstract class CVODES {
        \r
        public abstract int fQ(double t, NVector x, NVector y, UserData user_data);\r
        \r
-       private int fS1TestMode(int Ns, double t, NVector yv, NVector ydot, int is,\r
+       protected int fS1TestMode(int Ns, double t, NVector yv, NVector ydot, int is,\r
                        NVector yS, NVector ySdot, UserData user_data, NVector tmp1, NVector tmp2) {\r
                double y[] = yv.data;\r
                double p[] = user_data.array;\r
@@ -4723,7 +4725,7 @@ public abstract class CVODES {
     return;\r
   }\r
   \r
-  private void N_VLinearSum_Serial(double a, NVector x, double b, NVector y, NVector z)\r
+  protected void N_VLinearSum_Serial(double a, NVector x, double b, NVector y, NVector z)\r
   {\r
     int i, N;\r
     double c, xd[], yd[], zd[];\r
@@ -11871,7 +11873,7 @@ else                return(snrm);
                  int   ca_IMmalloc; \r
                  //cvaIMFreeFn     ca_IMfree;\r
                  int ca_IMstore; /* store a new interpolation point */\r
-                 //cvaIMGetYFn     ca_IMget;   /* interpolate forward solution    */\r
+                 int ca_IMget;   /* interpolate forward solution    */\r
 \r
                  /* Flags controlling the interpolation module */\r
                  boolean ca_IMmallocDone;   /* IM initialized? */\r